- Контрольно-организационный отдел
- Отдел документационного обеспечения
- Отдел закупок
- Отдел инновационного естественно-научного образования
- Отдел исследований состояния системы образования
- Отдел кадров
- Отдел материально-технического обеспечения
- Отдел организации и сопровождения аттестации работников системы образования
- Отдел организационно-методического сопровождения педагогов, работающих с одаренными детьми
- Отдел программно-технического обеспечения
- Отдел развития и продвижения корпоративных проектов
- Отдел сопровождения конкурсов
- Редакционно-издательский отдел
- Планово-экономический отдел
- Учебный отдел
- Хозяйственно-эксплуатационное управление
- Юридический отдел